Stage BAC+5 - Epidémiologie génomique H/F/DbioMérieux SA

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 60 ans, bioMérieux offre des solutions de diagnostic qui déterminent l'origine d'une maladie ou d'une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.
Rejoindre bioMérieux, c'est choisir une société familiale et humaniste, portée par une vision long terme, au service de la santé publique dans le monde.
Chaque stagiaire ou alternant est accompagné par un tuteur expérimenté et formé. Il ou elle bénéficie d'un suivi et d'une évaluation l'aidant à progresser et à se préparer à la vie professionnelle.

Quelle est votre mission chez BioMérieux ?

Stage en épidémiologie génomique : méthodes d'analyse des transmissions bactériennes en séquençage

Au sein du département Data Science de bioMérieux, vous contribuerez à l'évaluation et à l'amélioration des méthodes les plus avancées d'épidémiologie génomique utilisées pour détecter, caractériser et suivre la transmission de bactéries pathogènes.

L'essor du séquençage à haut débit a profondément transformé la surveillance des épidémies microbiologiques. Plusieurs approches coexistent aujourd'hui pour comparer les génomes bactériens : méthodes basées sur les SNP, schémas wgMLST, approches hybrides ou encore méthodes utilisant les k-mers. Chacune présente ses avantages, ses limites et ses contraintes.

L'objectif de ce stage sera de réaliser une étude comparative approfondie de ces approches à partir de jeux de données réels, afin de mieux comprendre leurs performances, leur robustesse et leur pertinence pour des applications de surveillance de routine.

Vous serez amené(e) à travailler à l'interface entre bioinformatique, microbiologie, génomique et science des données, en collaboration avec des experts du domaine. Vos conclusions contribueront à orienter les futurs développements et stratégies d'analyse en épidémiologie génomique.

Le stage se déroulera sur le site de Marcy-l'Étoile, au sein du département « Sequencing » dans une équipe de Data Science, avec l'accompagnement de spécialistes en bioinformatique, génomique microbienne et épidémiologie génomique.

Qui êtes-vous ?

• Étudiant(e) en dernière année d'école d'ingénieur ou Master 2 en bioinformatique, data science avec une sensibilisation génomique ou discipline équivalente
• Intérêt marqué pour la génomique microbienne et l'analyse de données biologiques
• Connaissances en séquençage haut débit (2eme et 3eme génération) et en bioinformatique
• Expérience en Python et environnement Linux
• Capacité d'analyse, esprit critique et curiosité scientifique
• Bon niveau d'anglais scientifique

Au cours de ce stage, vous développerez une expertise sur :

• les principales méthodes modernes d'épidémiologie génomique
• l'analyse comparative de workflows bioinformatiques à grande échelle
• l'exploitation de données de séquençage bactérien réelles
• les enjeux de reproductibilité et de passage à l'échelle des analyses génomiques
• la traduction de résultats scientifiques en recommandations applicables à des produits et services de santé