Stagiaire M2 sur l'épilepsieInstitut du Cerveau

L’Institut du Cerveau est une Fondation privée reconnue d’utilité publique dont l’objet est la recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux. Sur un même lieu, 950 chercheurs, ingénieurs et médecins couvrent l’ensemble des disciplines de la neurologie, dans le but d’accélérer les découvertes sur le fonctionnement du cerveau et les développements de traitements sur les maladies comme : Alzheimer, Parkinson, Sclérose en plaques, épilepsie, dépression, paraplégies, tétraplégies, etc.

CONTEXTE

L'épilepsie du lobe temporal mésial (MTLE) est la forme la plus fréquente d'épilepsie focale de l'adulte. Malgré des dizaines de médicaments disponibles, un tiers des patients reste pharmaco-résistant et doit être opéré. Les tissus cérébraux réséqués lors de ces interventions chirurgicales offrent un accès unique au cerveau humain épileptique vivant. Ceux-ci nous permettent d’explorer les mécanismes moléculaires et cellulaires qui font qu'une zone précise du cerveau génère des crises. Ces mécanismes demeurent mal compris, en grande partie faute d'outils permettant de relier la dysfonction de réseau à son substrat moléculaire à l'échelle cellulaire.

Le/la stagiaire intégrera une équipe pluridisciplinaire à l'Institut du Cerveau, bénéficiant d'un accès direct à des données humaines uniques (tissu cérébral postopératoire), aux plateformes technologiques de l'institut (iGenSeq, Histomics, ICMQuant) et à un environnement computationnel dédié. Le projet s'inscrit dans un programme de recherche structurant avec des collaborations nationales et européennes, offrant d'excellentes perspectives de poursuite en thèse.

MISSIONS PRINCIPALES

Des enregistrements électrophysiologiques à haute densité par matrices de multi-électrodes (HD-MEA) sont réalisés sur tranches aiguës de tissu humain épileptique postopératoire et ces données sont alors combinées à celle issues de la transcriptomique spatiale à haute résolution (Visium HD, Xenium — 10x Genomics) effectuée sur les mêmes échantillons. Nous cartographions ainsi pour la première fois le transcriptome des zones épileptogènes fonctionnellement identifiées dans le tissu MTLE humain. L'objectif est d'identifier les gènes, voies de signalisation et types cellulaires spécifiquement associés à la génération des crises, afin de proposer de nouvelles cibles thérapeutiques. Celles-ci pourront alors être testées sur ces mêmes tissus humains in vitro, et dans nos modèles expérimentaux d’épilepsie temporale in vivo.

Rattaché.e au chef d’équipe, le/la stagiaire participera à :

• La collecte et la préparation des tissus cérébraux et la réalisation des enregistrements électrophysiologiques in vitro

• L'analyse et le traitement de données de transcriptomique spatiale (Visium HD, Xenium) et de snRNA-seq à l'aide de pipelines Python (Scanpy, Squidpy, cell2location, Tangram)

• L'enregistrement et l’intégration de données électrophysiologiques (HD-MEA) avec les données omiques spatiales, incluant l'alignement des régions d'intérêt fonctionnelles sur les cartes transcriptomiques

• Le développement de scripts et routines d'analyse en Python pour l'expression différentielle spatialement résolue, la déconvolution cellulaire et l'enrichissement de voies

CONDITIONS PARTICULIERES

• Travail partiellement en laboratoire L2

• Niveau requis : Master 1 (ou équivalent) en neurosciences, bioinformatique, biologie computationnelle, ou discipline quantitative

Savoir

• Maîtrise des outils informatiques, notamment programmation en Python et/ou Matlab
• Expérience en analyse de données omiques appréciée mais non requise
• Connaissances de base en neurobiologie fondamentale
• Pratique courante de l’anglais scientifique, écrit et oral
• Capacité à présenter à l’oral en public

Savoir-être

• Curiosité pour les travaux de l’équipe et de l’Institut
• Capacité à monter en compétences pour être rapidement autonome
• Rigueur scientifique
• Sens de l’organisation et de la planification
• Capacité à travailler en équipe (interactions avec des chercheurs d’autres disciplines)