Un Ingénieur en Bio-informatique (F/H)Institut du Cerveau

L'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM) est une fondation privée reconnue d'utilité publique, dédiée à la recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux. Sur un site unique, 950 chercheurs, ingénieurs et médecins couvrent toutes les disciplines neurologiques, dans le but d'accélérer les découvertes sur le fonctionnement du cerveau et le développement de traitements pour des maladies telles que l'Alzheimer, Parkinson, la sclérose en plaques, l'épilepsie, la dépression, la paraplégie, la tétraplégie, etc.

Notre équipe REGAIN-MS est un groupe de recherche interdisciplinaire travaillant à l'intersection de la recherche fondamentale et clinique, dédié à la compréhension des mécanismes sous-jacents à la sclérose en plaques (SEP) et au développement d'approches translationnelles pour promouvoir la réparation et la neuroprotection dans cette maladie.

CONTEXTE

Un poste d'Ingénieur en Bioinformatique spécialisé en analyse transcriptomique est disponible au sein du laboratoire REGAIN-MS à l'Institut du Cerveau à Paris.

Nous recherchons un(e) candidat(e) hautement motivé(e) pour soutenir les analyses transcriptomiques dans le cadre d'un programme de recherche translationnelle axé sur la sclérose en plaques (SEP). L'ingénieur(e) contribuera aux projets en cours examinant les altérations transcriptomiques dans la SEP en utilisant des données de séquençage ARN à noyau unique (snRNA-seq) et de transcriptomique spatiale, dérivées d'échantillons de patients et de modèles expérimentaux. Ces projets visent à découvrir les mécanismes moléculaires, les interactions cellule-cellule et les cibles thérapeutiques potentielles associées à la physiopathologie de la SEP. Le/la candidat(e) collaborera étroitement avec des neurobiologistes, des cliniciens et des scientifiques computationnels pour traduire les données transcriptomiques en connaissances biologiques et translationnelles.

MISSIONS PRINCIPALES :

SOUS LA SUPERVISION DU CHERCHEUR RESPONSABLE, L'INGÉNIEUR(E) EN BIOINFORMATIQUE SERA EN CHARGE DE :

• Développer, optimiser et maintenir des pipelines reproductibles pour l'analyse de données snRNA-seq et de transcriptomique spatiale

• Effectuer des analyses d'expression différentielle de gènes, d'inférence de trajectoires, de clustering, d'enrichissement de voies métaboliques et d'analyses de réseaux

• Réaliser le contrôle qualité, le prétraitement, la normalisation et la correction des effets batch

• Contribuer à la conception expérimentale et à l'interprétation des données en collaboration avec les neurobiologistes et cliniciens

• Rédiger des rapports d'analyse de données

• Préparer les figures, sections méthodes et résultats pour des publications dans des revues à comité de lecture

• Présenter les résultats aux équipes de recherche interdisciplinaires

• Participer à la formation et à l'encadrement d'étudiants en Master/Doctorat en bioinformatique

CONDITIONS D'EMBAUCHE:

• Poste disponible, à pourvoir dès que possible

• Contrat de 2 ans (CDI de chantier de 24 mois)

• Salaire mensuel brut : 2 900 - 3 200 euros (selon expérience)

• Doctorat (ou équivalent) en Bioinformatique, Biologie Computationnelle, Génomique, Biologie des Systèmes ou domaine connexe

• Au moins un an d'expérience préalable en neurosciences et/ou maladies neuro-immunes ou neurodégénératives

SAVOIR :

• Expérience en intégration de données multi-omiques

• Familiarité avec les pratiques de recherche reproductible

• Intérêt pour le développement méthodologique et/ou les approches d'apprentissage automatique (machine learning)

SAVOIR-FAIRE :

• Solides compétences en programmation en R et/ou Python

• Expérience avec des frameworks bioinformatiques établis tels que Seurat ou similaires

• Une expérience en analyse de données RNA-seq et de transcriptomique spatiale serait un atout

• Bonne compréhension de la modélisation statistique appliquée aux données biologiques de haute dimension et de la visualisation de données

SAVOIR-ÊTRE :

• Capacité à travailler en équipe multidisciplinaire

• Autonomie, initiative

• Capacité de synthèse

• Intérêt marqué pour la recherche en neurosciences

• Bonnes compétences en communication et rédaction en anglais et en français

L’Institut du cerveau s’engage pour lutter contre toute forme de discrimination. Nous garantissons un environnement de travail inclusif et respectueux de toutes les diversités.
Tous nos postes sont ouverts aux personnes en situation de handicap.
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