Ingénieur en bioinformatique (F/H)Institut du Cerveau

L’Institut du Cerveau est une Fondation privée reconnue d’utilité publique dont l’objet est la recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux. Sur un même lieu, 950 chercheurs, ingénieurs et médecins couvrent l’ensemble des disciplines de la neurologie, dans le but d’accélérer les découvertes sur le fonctionnement du cerveau et les développements de traitements sur les maladies comme : Alzheimer, Parkinson, Sclérose en plaques, épilepsie, dépression, paraplégies, tétraplégies, etc.

CONTEXTE

L'équipe Hétérogénéité des Tumeurs cérébrales, Immunité et Thérapies (BRIGHT) de l'Institut du cerveau mène un projet de recherche ambitieux sur les mécanismes de résistance aux traitements du glioblastome, le cancer primitif du cerveau le plus fréquent. Ce projet en collaboration avec l'université de Harvard développe une analyse multi-modale approfondie et innovante du tissu tumoral issu de prélèvements de patients. Cette analyse intègre des omiques bulk, 2D et 3D avec de l'imagerie tissulaire 3D et des tests fonctionnels.

L’ingénieur sera en relation avec les membres de l'équipe BRIGHT engagés dans le projet, avec le groupe de bioinformatique de l'équipe BRIGHT, avec les personnels des plateformes et des fonctions support de l'Institut du cerveau (HISTOMICS, IGenseq, DAC, DSI), et avec les collaborateurs (équipe Nicolas Renier à l'Institut du cerveau, équipes de Keith Ligon et Peter Sorger à l'Université de Harvard).

MISSIONS PRINCIPALES

Rattaché à l'équipe BRIGHT et encadré par ses co-directeurs Mehdi Touat et Franck Bielle, l’ingénieur sera chargé des missions suivantes :

• Assurer l'analyse des données brutes de transcriptomique spatiale à échelle de cellule unique (technologie Xenium, Illumina)
• Intégrer les données Xenium processées avec d'autres données processées (dont histologie 2D, imagerie tissulaire 3D, spatiale protéomique, whole genome sequencing, whole transcriptome sequencing) en collaboration avec d'autres personnes de l'équipe ou des équipes collaboratrices. L'utilisation de jeux de données publiques permettra également d'enrichir l'analyse pour annotation, comparaison, ou validation externe.
• Contribuer à une meilleure compréhension de la biologie de la tumeur en prenant en compte l'hétérogénéité intratumorale et interindividuelle et identifier de nouveaux biomarqueurs et cibles thérapeutiques

L’ingénieur travaillera sur des données produites par une technologie de pointe Xenium appliquée à des échantillons caractérisés par d'autres modalités permettant une nouvelle compréhension de la biologie de ces tumeurs. La mise en œuvre de ces nouvelles technologies et leur intégration demande des capacités d'adaptation, une analyse critique des résultats obtenus et un sens de l’organisation sous forme d'étapes avec des arbitrages sur la méthodologie.

CONDITIONS PARTICULIERES

Un déplacement au sein de laboratoires partenaires au Canada et aux Etats-Unis pourra être envisagée en fonction des besoins.

REMUNERATION 

32 000 – 37 000€ bruts/an

•  Doctorat en bioinformatique ou Master 2 et expérience de 2 ans en bioinformatique

Savoir-faire

• Conduite d'analyses transcriptomiques
• Maîtrise des environnements Linux et des langages de programmation usuels en analyse omique (Python, R)
• Utilisation d'outils et bibliothèques standards : Scanpy, Seurat, Squidpy, Anndata,
• Gestion de données (Git, Docker, Snakemake ou Nextflow)
• Organisation d’une veille technologique sur les nouvelles approches analytiques
• Anglais scientifique courant (lu, écrit, parlé)

Savoir

• Connaissances solides en Structures de données et Algorithmes,
• Connaissances solides en Transcriptomique (alignement, contrôle qualité, comptage, normalisation, Bulk, Single Cell/Nuclei, Analyse différentielle d’expression, annotations fonctionnelles),
• Notions de Statistiques : Clustering, Réduction de dimension, t-SNE/UMAP, Régression, Détection d’anomalies
• Notions souhaitées en Analyse d’image : tiling, normalisation, segmentation de noyaux/cellules, classification d'objets, analyse de voisinage
• Notions souhaitées en Extraction de features / signatures, Machine Learning (supervisé, non-supervisé, semi-supervisé)
• Notions souhaitées en Génomique et Protéomique
• Des notions dans le domaine des Neurosciences, ou de l'Oncologie ou de l'Immunologie seraient un plus

Savoir-être

• Savoir travailler en équipe pluridisciplinaire
• Pouvoir communiquer efficacement les résultats à des biologistes non spécialistes et des médecins
• Rapporter aux collaborateurs et aux directeurs les difficultés rencontrées, et élaborer des propositions pour leur résolution.
• Gérer des jeux de données volumineux et complexes
• Faire preuve de rigueur, d’un bon sens de l'organisation, et d’autonomie
• Avoir une bonne capacité d’adaptation à des projets évolutifs de recherche translationnelle
• Être motivé pour apprendre et pour développer de nouvelles compétences analytiques

L’Institut du cerveau s’engage pour lutter contre toute forme de discrimination. Nous garantissons un environnement de travail inclusif et respectueux de toutes les diversités.

Tous nos postes sont ouverts aux personnes en situation de handicap.